CASE REVIEW · 조세·세무조사 / 대구

작성 2026. 10. 28. | 로엘법무법인 황인욱 변호사

내 사업장은 세무조사를 받은 적이 없는데, 거래처가 조사를 받은 뒤 매입세금계산서를 과다하게 받았다며 부가가치세를 고지받는 경우가 있습니다.

대구지방법원은 과세관청이 거래처 세무조사에서 절차를 어기고 수집한 전자정보로 부가가치세를 부과했다면 그 처분은 위법하다고 보고 부과처분 전부를 취소했습니다. 다루는 판결은 제1심이며 확정 여부는 확인하지 못했습니다.

대구지방법원이 공개한 세무조사 전자정보 사건

대구지방법원이 2025. 11. 28. 「우리법원 주요판결」로 공개한 판결에 따르면, 세무서는 2023년 6월 대구의 타이어 판매 사업자를 개인통합조사하면서 사무실 컴퓨터의 회계프로그램 자료를 엑셀파일로 복사해 국세청 내부망으로 전송했습니다. 자료에는 일자별 거래처와 공급가액이 담겨 있었습니다.

세무서는 이 자료를 토대로 거래처인 자동차부품 판매 사업자(원고)가 공급가액 1억 8,700만여 원의 매입세금계산서를 과다하게 받았다고 보고, 2024. 8. 8. 가산세를 포함한 부가가치세 35,778,830원을 고지했습니다. 조사를 받은 사업자 본인은 같은 전자정보에 기초한 부과가 위법하다는 국세청 심사결정으로 처분이 취소됐지만, 원고의 심사청구는 기각돼 소송으로 이어졌습니다.

세무조사에서 장부와 전자정보는 어떻게 가져가야 하나

세무조사는 납세자의 동의를 전제로 하는 임의조사이므로, 동의 없이 자료를 가져가는 압수·수색은 허용되지 않는다는 것이 법원의 판단입니다. 「국세기본법」 제81조의10은 세무공무원이 조사 목적으로 장부등을 임의로 보관하지 못하게 하고, 일시 보관하려면 납세자의 동의를 받아 일시 보관 동의서를 받고 일시 보관증을 내주도록 정하고 있습니다.

법원은 이 세무조사가 국세기본법의 절차를 어겼을 뿐 아니라 적법절차 원칙과 영장주의를 위반한 중대한 위법이 있다고 보았습니다. 대법원도 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결에서 부정한 목적의 세무조사처럼 중대한 위법이 있는 조사로 수집한 자료에 기초한 과세처분은 위법하다고 보았습니다.

조사를 받지 않은 거래처도 위법을 다툴 수 있나

세무조사의 직접 상대방이 아닌 거래처도 그 위법을 이유로 자기 처분의 취소를 구할 수 있다고 법원은 보았습니다. 원고는 조사 대상자가 아니어서 다툴 수 없다는 세무서의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

법원은 처분에 이르는 절차에 위법이 있으면 처분의 효력에도 영향을 미친다고 했습니다. 또 적법절차 원칙은 개인의 재산을 보호할 뿐 아니라 공무원의 위법행위를 억제하는 기능도 하므로, 조사 상대방이 아니라는 이유만으로 적용을 배제할 수 없다고 판단했습니다.

문답서와 소명자료가 있었다는 주장은 왜 배척됐나

세무서가 전자정보와 무관하게 과세 사실을 따로 파악할 수 있었다는 객관적 증거가 없었기 때문입니다. 세무서는 조사 대상자의 문답서와 소명자료가 근거라고 주장했습니다.

그러나 법원은 소명자료가 전자정보 확보 약 한 달 뒤 같은 내용으로 제출된 점, 문답서도 전자정보 내용을 기초로 원고와의 거래를 질문해 작성된 점, 원고에 대해서는 별도 세무조사가 없었던 점을 들었습니다. 결국 처분은 위법한 세무조사에 기초했다고 보았고, 대구고등법원 2020. 1. 31. 선고 2019누3699 판결(대법원 심리불속행 기각으로 확정)을 참조로 들었습니다.

필자가 보기에 비슷한 사건에서는 과세관청이 위법 수집 자료와 별개의 독자적 근거를 가지고 있었는지가 주로 다퉈질 것으로 보입니다. 이 판결은 원고가 실제로 세금계산서를 과다하게 받았는지는 판단하지 않고 절차의 위법만으로 처분을 취소했습니다.

거래처 세무조사 뒤 해명자료 안내를 받았다면

해명자료 제출 안내를 받았다면 먼저 '과세자료 발생 경위'와 그 자료의 수집 경위를 확인하는 것이 좋습니다. 처분을 받은 뒤 다투려면 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 해야 하고(「국세기본법」 제61조·제68조), 행정소송은 그 결정을 거친 뒤 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 합니다(제56조).

형사사건에서 위법하게 수집된 증거가 문제 되듯, 세무조사 자료도 수집 절차가 판단 대상이 됩니다. 수사기관의 전자정보 확보 범위는 휴대폰 임의제출, 수사기관은 어디까지 볼 수 있나에서 정리했습니다. 필자가 형사사건에서 증거 수집 과정을 다투다 보면, 자료의 내용보다 확보 경위가 결론을 좌우하는 경우를 적지 않게 봅니다.

정리하면 세 가지입니다. 첫째, 세무조사에서 장부·전자정보를 보관하려면 납세자 동의와 일시 보관 동의서·보관증이 필요합니다. 둘째, 그 절차를 어긴 자료에 기초한 처분은 조사를 받지 않은 거래처에 대한 것이라도 취소될 수 있습니다. 셋째, 이 사건은 제1심 판결로 확정 여부가 확인되지 않았습니다.

참고자료

· 대구지방법원 2025. 11. 13. 선고 2025구합20480 판결(제1심, 확정 여부 미확인) — 「우리법원 주요판결」 2025. 11. 28. 게시, 대구지방법원
· 대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 — 국가법령정보센터
· 「국세기본법」 제56조·제61조·제68조·제81조의4·제81조의10 [법률 제21987호, 시행 2026. 10. 2.] — 국가법령정보센터
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