COLUMN · 조세·가산세

작성 2026. 10. 27. | 로엘법무법인 김명희 변호사

거래처가 뒤늦게 세금계산서를 수정하는 바람에, 공제받았던 매입세액을 돌려내고 가산세까지 낸 사업자가 있습니다.

2026년 8월 대법원 판결로 가산세를 면하는 '정당한 사유'의 기준과 다툴 길을 정리합니다.

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가산세는 '정당한 사유'가 있으면 부과하지 않습니다

납세자가 신고·납부 의무를 지키지 못한 데 정당한 사유가 있으면 가산세는 부과되지 않습니다(「국세기본법」 제48조 제1항 제2호). 가산세는 의무 위반에 대한 행정상 제재이므로, 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없다면 제재할 이유도 없다는 것입니다.

대법원은 단순히 법을 몰랐거나 잘못 이해한 것만으로는 부족하고, 세법 해석에 견해 대립이 있는 등 의무를 몰랐던 것이 무리가 아니었거나 의무 이행을 기대하기 어려웠던 사정이 있어야 한다고 봅니다. 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결은 이 기준을 거래처의 세금계산서 수정 사안에 적용했습니다.

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2026두30500 사건, 거래처의 세금계산서 수정에서 시작된 가산세

대법원 판결문에 따르면, 해외 공사를 수급한 회사는 설치공사를 협력사에 하도급하면서 부가가치세 상당액을 따로 지급하기로 했습니다. 국외에서 공급하는 용역은 영세율 대상(「부가가치세법」 제22조)인데도 협력사는 10% 세금계산서를 발급했고, 회사는 이를 매입세액으로 공제받았습니다.

협력사는 일부 기간의 부가가치세를 체납하다가 2021년 영세율로 수정한 세금계산서를 발급하고 경정청구로 환급을 받았습니다. 회사는 세무서의 요청에 따라 수정신고를 하면서 약 6억 3천만 원의 가산세를 함께 냈습니다.

회사의 경정청구는 거부됐습니다. 조세심판원은 협력사가 세금을 낸 기간만 공제를 인정했고, 원심도 체납 기간에 대한 회사의 청구를 받아들이지 않았습니다.

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대법원이 본세는 유지하고 가산세만 돌려보낸 이유

대법원은 매입세액을 토해내는 본세 부분은 회사 패소로 유지하고, 가산세 부분만 다시 심리하라며 파기환송했습니다. 세율을 잘못 적용한 세금계산서는 수정세금계산서 발급 사유이므로(「부가가치세법 시행령」 제70조 제1항 제9호), 협력사의 영세율 수정은 적법하다고 보았습니다.

가산세는 달리 보았습니다. 두 회사는 협력사가 세금을 내고 회사가 공제받는 것을 거래의 전제로 삼았는데, 이는 조세탈루가 없으면 공제를 인정하는 국세청 집행기준에 기초한 것이었습니다.

회사가 체납 시작 후에도 부가가치세 상당액을 계속 지급했으니 체납을 예견하지 못했을 가능성도 있다고 보았습니다. 따라서 체납을 예견할 수 있었는지, 스스로 공제를 포기하길 기대할 수 있었는지를 더 살폈어야 한다는 것입니다. 정당한 사유가 인정될지는 환송 후 원심에서 다시 판단됩니다.

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정당한 사유, 대법원은 어떻게 판단해 왔나

대법원은 정당한 사유를 판단할 때 납세자가 당시 무엇을 알 수 있었고 무엇을 기대할 수 있었는지를 구체적으로 따집니다. 최근 판결을 정리하면 다음과 같습니다.

대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결은 정당한 사유를 원칙적으로 신고·납부기한을 기준으로 판단해야 한다고 밝혔습니다. 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결은 계약 구조상 면세로 오인할 여지를 따져 보지 않고 단순한 법률의 부지로 단정한 원심을 파기했습니다.

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거래처 사정으로 수정신고를 했다면 확인할 것

거래처 사정으로 수정신고를 하고 가산세를 냈더라도, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 경정청구로 다시 다툴 수 있습니다(「국세기본법」 제45조의2 제1항).

정당한 사유는 신고·납부기한 당시 무엇을 알 수 있었는지가 핵심이므로, 계약서 세금 조항, 대금 지급 내역, 거래처 체납을 안 시점을 남겨 두어야 합니다. 정당한 사유와 별개로 수정신고 시기에 따른 가산세 감면도 함께 따져볼 수 있습니다. 다만 경정을 미리 알고 한 수정신고는 이 감면에서 제외됩니다(같은 법 제48조 제2항).

필자가 상담해 보면, 세금계산서는 거래처가 발급했으니 책임도 거래처에 있다고 여기다가 수정신고 요청을 받고서야 대응을 시작하는 경우가 적지 않았습니다. 본세와 가산세는 판단 기준이 다르므로 나누어 검토하는 것이 좋습니다.

FAQ

자주 묻는 질문

Q. 거래처가 세금계산서를 수정해서 낸 가산세도 정당한 사유로 면제받을 수 있나요?

인정될 여지가 있습니다. 대법원 2026두30500 판결은 거래처의 체납을 예견할 수 있었는지, 스스로 공제를 포기하길 기대할 수 있었는지를 살펴야 한다며 가산세 부분을 파기환송했습니다. 최종 인정 여부는 환송 후 판단됩니다.

Q. 세법을 잘 몰라서 잘못 신고했다면 정당한 사유가 되나요?

단순히 법을 몰랐다는 것만으로는 원칙적으로 정당한 사유가 되지 않습니다. 세법 해석에 견해 대립이 있는 등 의무를 몰랐던 것이 무리가 아니었거나, 의무 이행을 기대하기 어려웠던 사정이 있어야 합니다.

Q. 이미 수정신고하고 가산세를 냈는데 다시 다툴 수 있나요?

법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 수정신고한 세액에 대해서도 경정청구를 할 수 있습니다. 2026두30500 사건의 회사도 수정신고 뒤 경정청구를 했고, 거부되자 조세심판과 소송으로 다퉜습니다.

참고자료

· 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결, 대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 — 국가법령정보센터
· 「국세기본법」 제45조의2·제47조·제48조 [법률 제21987호, 시행 2026. 10. 2.], 「부가가치세법」 제22조·제32조, 같은 법 시행령 제70조 — 국가법령정보센터
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